La restauración ambiental consiste en la reforestación con especies nativas de la zona con el objetivo de recuperar la función hídrica que tiene la Tercera Sección y la cual es fundamental para toda la Ciudad de México.
Los trabajos restaurativos consisten en la integración de la técnica de islas de fertilidad, donde se siembran árboles nativos, los cuales son cuidados a través de hidrogel, polímero que forma un tanque de almacenamiento natural de agua en las raíces del árbol y con ello permiten su crecimiento.
Además, se colectarán las semillas del bosque para que sean almacenadas en la Biblioteca de Semillas, que se encuentra en proceso de construcción, y posteriormente serán producidas en los distintos viveros de la Secretaría de Medio Ambiente (SEDEMA) con la intención de contar con material genético que permita la restauración ambiental de la ciudad.